Come tutti gli scorpioni del genere Euscorpius sono di piccole dimensioni: gli esemplari di E.flavicaudis solitamente misurano fra i 3 e i 5 centimetri, misurati dalle punte dei pedipalpi, cioè dalla punta frontale del carapace sino al telson, ossia l'ultimo segmento della coda, contenente la sacca velenifera e il pungiglione. La caratteristica principale di questi scorpioni è però la colorazione delle zampe e del telson che si presentano di un giallo-rossastro opaco. Il corpo è tra il nero e il marrone. È facile confonderli con altri scorpioni dello stesso genere (Euscorpius italicus, Euscorpius tergestinum, etc.) e per identificare correttamente un esemplare occorre esaminare la parte ventrale dei pedipalpi, che presentano un numero di tricobotri caratteristico per ogni specie.